De shotgun-sequencing-techniek wordt toegepast om een volledig genoom in beeld te brengen. Wanneer het DNA veel repeterende sequenties bevat, is deze techniek echter minder geschikt.
Deze vraag beantwoord je op de uitwerkbijlage. Print hem en vul hem in, of neem de figuur over op papier. Stuur daarna een foto van wat je hebt ingevuld.
Schreef je op papier? Maak een foto van de ingevulde uitwerkbijlage. Je foto blijft privé en de nakijker leest hem. Zet je naam er niet op.
Hier verliezen leerlingen punten
Met een gratis account wordt je antwoord nagekeken per scorepunt, volgens het officiële correctievoorschrift. Wat je hier typt, blijft bewaard.
De Indische bruinvis die in de Chinese rivier de Yangtze (Chang Jiang) voorkomt, leefde oorspronkelijk in zee. Door het genoom van deze walvisachtige te analyseren hebben wetenschappers inzicht gekregen in de evolutionaire geschiedenis van deze diersoort. Het genoom van de bruinvis (Neophocaena asiaeorientalis) werd gesequencet met de shotgun-sequencing-techniek. Bij deze techniek wordt het DNA uit een weefsel geïsoleerd en willekeurig in kleine stukken geknipt. Vervolgens wordt van deze fragmenten de basenvolgorde bepaald. Door overlappende delen van de fragmenten met behulp van geavanceerde software te combineren wordt de basenvolgorde van de complete DNA-ketens afgeleid. In afbeelding 1 is dit voor een deel van een DNA-keten getoond. afbeelding 1 Een deel van het gen dat codeert voor de β -keten van hemoglobine van de Indische bruinvis uit de Yangtze is hieronder weergegeven. 5′-AAGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAGGCTGCTGGTTGTCTACCCC TGGACTCAG-3′ Hieronder zijn drie resultaten van shotgun-sequencing weergegeven waarmee de bovenstaande sequentie kon worden afgeleid. fragment 1 5′-AAGTTGGTGGTGAGGCCCTG-3′ fragment 2 5′-GCTGGTTGTCTACCCCTGGACTCAG-3′ fragment 3 5′-CAGCAGCCTGCCCAGGGCCTCA-3′
De shotgun-sequencing-techniek wordt toegepast om een volledig genoom in beeld te brengen. Wanneer het DNA veel repeterende sequenties bevat, is deze techniek echter minder geschikt.
Nadat het genoom van de Indische bruinvis was ontrafeld, gebruikten de onderzoekers de basenvolgorde van een aantal genen om de verwantschap met andere zoogdieren in beeld te brengen. Deze evolutionaire stamboom is weergegeven in afbeelding 2. afbeelding 2 Naar aanleiding van deze evolutionaire stamboom worden de volgende uitspraken gedaan: 1 De Indische bruinvis heeft een recentere gemeenschappelijke voorouder met de Chinese vlagdolfijn dan met de tuimelaar. 2 De voorouders van de huidige walvisachtigen trokken waarschijnlijk minder dan 60 miljoen jaar geleden vanuit land naar zee. 3 Ongeveer 20 miljoen jaar geleden ontstonden genetische verschillen tussen voorouders van de Indische bruinvis en voorouders van de tuimelaar.
In afbeelding 3 is te zien dat er verschillende populaties Indische bruinvissen leven in de Yangtze ( N. a. asiaeorientalis ) en in de Gele Zee en Zuid-Chinese Zee ( N. a. sunameri) . afbeelding 3 De onderzoekers vonden verschillen tussen het DNA van de Yangtze-bruinvissen en dat van de zoutwater-bruinvissen, onder andere in een gen dat betrokken is bij ADH-gereguleerde waterresorptie. In afbeelding 4 is een schema van deze regeling weergegeven waarin op zes plaatsen nog een keuze moet worden gemaakt. afbeelding 4 hypofyse / doorlaatbaarheid hypothalamus inname osmotische glomeruli / reabsorptie geeft van zoet waarde verzamelbuisjes neemt meer / minder water stijgt / daalt wordt toe / af ADH af aan groter / kleiner het bloed
Maak in de uitwerkbijlage dit schema af door bij de zes keuzemogelijkheden steeds het juiste woord te omcirkelen.